Кафедра экологии была создана в июне 1990 г. на основании решения ученого совета МСХА имени К.А. Тимирязева «О подготовке в академии молодых специалистов в области сельскохозяйственной экологии и контроля за качеством окружающей среды» и во исполнение постановления Правительства СССР «О неотложных мерах экологического оздоровления страны». Организатором кафедры выступил профессор Владимир Александрович Черников — основатель научной школы агроэкологии ТСХА.
Первая целевая подготовка агроэкологов началась именно на нашей кафедре в 1993 году с обучения 24 специалистов, а к 2000 году в 32 вузах страны выпускалось уже более 1500 человек.
В 2000 г. массовым тиражом вышел базовый учебник «Агроэкология», ставший на долгие годы хрестоматией направления.
Подробную историю нашей кафедры можно прочитать в разделе «О нас».